Στο πλαίσιο της διαβούλευσης, το ΤΕΕ/ΤΗ επισημαίνει ακόμη την άμεση αναγκαιότητα εξασφάλισης της ποιότητας του πόσιμου νερού με τη θεσμοθέτηση ζωνών προστασίας υδροληψιών, την πρόβλεψη χρηματοδοτικών εργαλείων για την αξιοποίηση των παραγόμενων αποβλήτων από πτηνο-κτηνοτροφικές δραστηριότητες και την επέκταση της δημιουργίας μονάδων αξιοποίησης της ιλύος που παράγεται από τις μικρές Εγκαταστάσεις Επεξεργασίας Λυμάτων της Περιφέρειας Ηπείρου.
Η πύκνωση του δικτύου παρακολούθησης, προκύπτει από την παρατήρηση πως- κατά περιπτώσεις- είτε η οικολογική είτε η χημική κατάσταση είναι άγνωστη. «Μάλιστα κατά τη μεθοδολογία προσέγγισης, σε περιπτώσεις που η οικολογική κατάσταση είναι άγνωστη και η χημική είναι καλή ή κατώτερη της καλής η συνολική κατάσταση των συστημάτων είναι άγνωστη. Σε περιπτώσεις με υψηλή ή καλή οικολογική κατάσταση και άγνωστη χημική η συνολική κατάσταση των συστημάτων είναι άγνωστη. Θα πρέπει να ληφθούν μέτρα πύκνωσης του δικτύου παρακολούθησης και διαρκούς λειτουργίας του, ώστε να είναι σαφώς προσδιορισμένη η κατάσταση των επιφανειακών και υπόγειων υδάτων», σημειώνει το ΤΕΕ/ΤΗ/
Επιπλέον ζητά να προτείνονται σαφή μέτρα βελτίωσης της κατάστασης των υδατικών συστημάτων που έχουν επισημανθεί με κόκκινο. Για παράδειγμα, όσον αφορά τις εκβολές του Λούρου ποταμού στη λιμνοθάλασσα Αμβρακικού, να ληφθεί μέριμνα για την υλοποίηση αποστραγγιστικών έργων από ΓΟΕΒ/ΤΟΕΒ, αλλά και για την υιοθέτηση ορθών γεωργικών πρακτικών στις καλλιέργειες.
Επιπρόσθετα, ως προς τα επιφανειακά υδατικά συστήματα, οι σημαντικότερες πιέσεις που εντοπίζονται στο Υδατικό Διαμέρισμα της Ηπείρου σχετίζονται κυρίως με την πτηνοκτηνοτροφική δραστηριότητα, τη συγκέντρωση μονάδων ιχθυοκαλλιέργειας (αλμυρού και γλυκού νερού) και την εγκατάσταση και λειτουργία μονάδων αξιοποίησης προϊόντων πρωτογενούς τομέα παραγωγής (εντός και εκτός ΒΙΠΕ), τονίζοντας ως επιτακτική την ανάγκη αποτύπωσης των μονάδων αυτών σε μορφή GIS, δηλ. γεωπληροφοριακών συστημάτων. Συγκεκριμένα στο Υδατικό Διαμέρισμα Ηπείρου, συγκεντρώνονται περίπου 640 οργανωμένες πτηνοκτηνοτροφικές μονάδες, η συντριπτική πλειοψηφία των οποίων είναι μονάδες εκτροφής πουλερικών και η δραστηριότητα των οποίων επιφέρει σημαντικό ποσοστό επί του συνολικού ρυπαντικού φορτίου που εν δυνάμει καταλήγει στα επιφανειακά ύδατα.
