Η ετήσια απογραφή διενεργείται είτε με την προσέλευση των κτηνοτρόφων στην Κτηνιατρική Υπηρεσία, με το Μητρώο Εκμετάλλευσης Αιγοπροβάτων συμπληρωμένο και πλήρως ενημερωμένο με όλες τις μεταβολές (γεννήσεις, θανάτους, σφαγές), είτε με τη χρήση της αντίστοιχης ψηφιακής υπηρεσίας, χωρίς να απαιτείται η παρουσία του κτηνοτρόφου στην υπηρεσία. Η εγγραφή και η πρόσβαση του κάθε ενδιαφερομένου στην ψηφιακή υπηρεσία κοινοποίησης της ετήσιας απογραφής του ζωικού κεφαλαίου γίνεται μέσω της ηλεκτρονικής διεύθυνσης http://e-services.minagric.gr, ακολουθώντας κατά βήμα τις οδηγίες που διατίθενται αναρτημένες στον ιστότοπο του υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης.
Κατά την υποβολή των απογραφικών στοιχείων μέσω της ψηφιακής υπηρεσίας, εκδίδεται σχετική βεβαίωση, την οποία ο χρήστης εκτυπώνει και επισυνάπτει στο μητρώο της εκμετάλλευσής του. Η ψηφιακή υποβολή απογραφής του ζωικού κεφαλαίου δεν υποκαθιστά την υποχρέωση του κατόχου για την αντίστοιχη ενημέρωση του μητρώου της εκμετάλλευσής του.
Ο κάθε χρήστης/κάτοχος αιγοπροβάτων ή χοίρων έχει τη δυνατότητα ψηφιακής υποβολής απογραφικών στοιχείων μόνο μία φορά κατά την απογραφική περίοδο (σε περίπτωση που η υποβληθείσα απογραφή χρήζει τροποποίησης λόγω λανθασμένων στοιχείων, ο ενδιαφερόμενος θα πρέπει να απευθύνεται άμεσα στην αρμόδια τοπική κτηνιατρική αρχή).
Τέλος, επισημαίνεται ότι είναι και φέτος υποχρεωτική η καταγραφή των οικόσιτων χοίρων στο πλαίσιο της ετοιμότητας για την αφρικανική πανώλη.
