Με το πέρας της έρευνας μηνών, σύμφωνα με το ΑΠΕ-ΜΠΕ, η Εισαγγελία Πρωτοδικών Αθηνών άσκησε ποινική δίωξη σε βάρος του πατέρα Αντώνιου και της πρεσβυτέρας Σταματίας Γεωργαντή, για τα κακουργήματα της απιστίας, της υπεξαίρεσης και της νομιμοποίησης παράνομου χρήματος. Στη δικογραφία που σχηματίστηκε, κατηγορούμενοι για αδίκημα σε βαθμό πλημμελήματος είναι επίσης ένα πρόσωπο του οικογενειακού κύκλου των βασικών κατηγορουμένων, καθώς και ένας πρώην εργαζόμενος στη ΜΚΟ.
Τόσο ο κληρικός όσο και η σύζυγός του, στις εξηγήσεις που κλήθηκαν να δώσουν στον εισαγγελέα, φέρονται να αρνήθηκαν κατηγορίες που τους αποδίδονται.
Στη δικογραφία αναφέρεται ότι το ζευγάρι εμφανίζει τεράστιες δαπάνες χωρίς αιτιολογία, όπως η αγορά ακινήτου στην Πωγωνιανή και τα έξοδα για τις επισκευές σε αυτό. Η κατηγορία της απιστίας φαίνεται να σχετίζεται και με εκταμιεύσεις 2.000.000 ευρώ από τα ταμεία της «Κιβωτού», για τα οποία δεν υπάρχουν παραστατικά. Κατά τις εισαγγελικές αρχές, τα χρήματα αυτά εκταμιεύτηκαν για άλλους σκοπούς από αυτούς που υπηρετεί η οργάνωση.
Η υπεξαίρεση που βαρύνει τον πατέρα Αντώνιο και την πρεσβυτέρα, αφορά τα χρήματα και τιμαλφή ύψους περίπου 470.000 ευρώ, που βρέθηκαν στο διαμέρισμα της οργάνωσης, το οποίο χρησιμοποιούσε ο πατέρας Αντώνιος, αλλά και τα χρήματα, τα κοσμήματα και τις χρυσές λίρες που εντοπίστηκαν σε θυρίδες. Τέλος αφορά και ποσό 300.000 ευρώ που φέρεται να λείπει από τα διαθέσιμα της οργάνωσης.
Η υπόθεση πλέον ανατέθηκε σε ανακριτή.
Στη δικογραφία και η αγορά του ακινήτου στην Πωγωνιανή
Οι αναιτιολόγητες, κατά τον εισαγγελέα, δαπάνες για αγορά ακινήτου στην Πωγωνιανή και τις επισκευές που έγιναν σε αυτό, περιλαμβάνονται στην δικογραφία που σχηματίστηκε σε βάρος του ιδρυτή της «Κιβωτού του Κόσμου» πατέρα Αντωνίου και της συζύγου του, με την οποία τους αποδίδονται βαρύτατες κατηγορίες.
