Για περισσότερα από 20 χρόνια βρέθηκε στην ιδιοκτησία και στην προεδρία της ΠΑΕ, γράφοντας το δικό του κεφάλαιο στην ιστορία του συλλόγου.
Επί των ημερών του, οι «πράσινοι» κατέκτησαν έξι πρωταθλήματα Ελλάδας, εννέα Κύπελλα και τρία Σούπερ Καπ, ενώ πραγματοποίησαν σημαντικές ευρωπαϊκές πορείες.
Ο «καπετάνιος», όπως ήταν γνωστός στον ελληνικό αθλητισμό, συνέδεσε το όνομά του με μία από τις πιο επιτυχημένες περιόδους στην ιστορία του Παναθηναϊκού.
Γεννήθηκε το 1936 στην Επισκοπή Ρεθύμνου και προέρχεται από μία από τις πιο γνωστές και ισχυρές οικογένειες της ελληνικής επιχειρηματικής ζωής. Ήταν ένα από τα δέκα παιδιά του Γιάννη Βαρδινογιάννη, με καταγωγή από τον Άγιο Ιωάννη Σφακίων, και της Χρυσής Θεοδωρουλάκη, που καταγόταν από το Γεράνι Ρεθύμνου.
Να σημειωθεί πως, το προσωνύμιο «καπετάνιος» το απέκτησε όταν με μία τολμηρή κίνηση κατάφερε και έσπασε το εμπάργκο που είχε επιβληθεί στη Ζιμπάμπουε, ενώ μαινόταν ο πόλεμος και τον καταδίωκε το βρετανικό Βασιλικό Ναυτικό.
