Στον «Άγιαξ της Ηπείρου» αγωνίστηκε στο δεύτερο μισό της αγωνιστικής σεζόν 1998-99, ερχόμενος με μεταγραφή από τον Εθνικό Πειραιώς στη μεταγραφική περίοδο του χειμώνα. Ήταν τότε επί εποχής του Μάνθου Κολέμπα που ο ΠΑΣ ανέκαμψε από τα «πέτρινα χρόνια» και εκείνη τη σεζόν έχασε την άνοδο στην Α’ Εθνική στο περιβόητο ματς με την Καλαμάτα, όπου στο κατάμεστο στάδιο «Ζωσιμάδες» κέρδισε η ομάδα της Μεσσηνίας με σκορ 3-0! Προπονητής του ΠΑΣ τότε ο Νίκος Αναστόπουλος που συνετέλεσε στο να γίνει η μεταγραφή.
Ο Μανώλης Παπαδόπουλος με τη φανέλα του ΠΑΣ είχε 15 συμμετοχές στο πρωτάθλημα της Β’ Εθνικής, ενώ σημείωσε και 1 γκολ στον αγώνα Απόλλων Καλαμαριάς – ΠΑΣ Γιάννινα 1-1 που έγινε στις 14 Φεβρουαρίου 1999. Ξεχώρισε στη θέση του στόπερ. Έκανε ντεμπούτο στο επεισοδιακό παιχνίδι Πανσερραϊκός – ΠΑΣ Γιάννινα 2-1 που έγινε στις 7 Φεβρουαρίου 1999 στις Σέρρες. Στην ΑΕ Γιάννενα διετέλεσε προπονητής τη σεζόν 2005-06 όταν η τοπική ομάδα ήταν στην επαγγελματική τότε Γ’ Εθνική με πρόεδρο τον Χριστόφορο Παπαδόπουλο. Ήταν ένας αξιοπρεπής και σοβαρός άνθρωπος, τόσο ως ποδοσφαιριστής όσο και ως προπονητής. Από τα καλά παιδιά που πέρασαν από τα Γιάννινα. Σε συλλυπητήρια ανακοίνωση η ΠΑΕ ΠΑΣ Γιάννινα σημειώνει: «Η ΠΑΕ ΠΑΣ Γιάννινα 1966 εκφράζει τα θερμά της συλλυπητήρια στην οικογένεια και στους οικείους του Μανώλη Παπαδόπουλου για τον θάνατο του. Ο εκλιπών τίμησε με την παρουσία του τον ΠΑΣ Γιάννινα φορώντας την φανέλα του κατά την διάρκεια της σεζόν 1998-99. Ας είναι ελαφρύ το χώμα που θα τον σκεπάσει».
Ο άλλοτε αμυντικός του Δικεφάλου με καταγωγή από τη Λιβαδειά φόρεσε την κιτρινόμαυρη φανέλα το 1992, με μεταγραφή από τον Ιωνικό και έμεινε στη Νέα Φιλαδέλφεια μια τριετία. Σε αυτό το διάστημα μέτρησε 63 εμφανίσεις και σήκωσε τα πρωταθλήματα του 1993 και του 1994 υπό τις οδηγίες του Ντούσαν Μπάγεβιτς. Μετά την ΑΕΚ αγωνίστηκε σε Εθνικό (1997-99), ΠΑΣ Γιάννινα (1999) και έκλεισε την καριέρα του στην Κοζάνη (1999-2001). Ασχολήθηκε για πολλά χρόνια και ως προπονητής.
Η ανακοίνωση της ΠΑΕ ΑΕΚ: «Η ΠΑΕ ΑΕΚ εκφράζει την βαθιά της θλίψη για τον αδόκητο χαμό του πρώην ποδοσφαιριστή και προπονητή της ομάδας μας Μανώλη Παπαδόπουλου στα 57 του χρόνια. Είχε αγωνιστεί στην ΑΕΚ ως κεντρικός αμυντικός την περίοδο 1992-1995 και είχε πολύ σημαντική συμμετοχή στις κατακτήσεις των πρωταθλημάτων του 1993 και του 1994. Είχε διατελέσει και μέλος του τεχνικού επιτελείου της ομάδας μας τη σεζόν 2012-13. Η οικογένεια της ΑΕΚ δεν θα ξεχάσει ποτέ τον πρωταθλητή Μανώλη Παπαδόπουλο. Κουράγιο και δύναμη στους δικούς του ανθρώπους».
